آیت‌الله جوادی در بررسی تاریخی فلسفه این نکته را بیان می‌کند که فلسفه تنها علمی در عالم است که در لحظه تولد نه الهی است و نه الحادی، اما در ادامه با شناخت عالم یا شکل جهان‌بینی الهی پیدا می‌کند یا الحادی. به عبارت دیگر عقل با کنکاش در عالم، زمانی که به حقیقتی مانند خدا یا عالم غیب می‌رسد چنانچه خضوع کند و آن را بپذیرد الهی می‌شود و اگر تکبر ورزی کند الحادی می‌شود. از طرفی تمام علوم بر پایه فلسفه علمِ خود به وجود می‌آیند و این فلسفه علم هم بر پایه فلسفه مطلق ایجاد می‌شود.

بنابراین اگر فلسفه مطلق ما الهی شد عالم را مخلوق خدا می‌بینیم و اگر الحادی شد عالم را طبیعت بی‌جان می دانیم. از نظر استاد جوادی مشکل علوم جدید این است که خداوند را به‌عنوان ابتدا و انتهای عالم در نظر نمی‌گیرند و از آن جایی که در دامن فلسفه الحادی رشد کرده‌اند طبیعت را به‌عنوان لاشه بی‌جانی تصور می‌کنند.