بنا به وصیّت آن حضرت فرزندانش پیکر مطهرش را شبانه به نجف آورده و دور از چشم مردم به خاک سپردند و طبق وصیّت آنحضرت قبرشریفش را مخفی نمودند. مبادا منافقان،یعنی خوارج همان کوردلانی راکه کینه ی دیرینه باآن امام معصوم (علیه السلام) را داشتند باهمدستی بنی امیّه ملعون نسبت به قبر شریف آنحضرت جسارت بکنند همانهایی که توهین به آن امام بزرگوار را در نمازهای خود ثواب می دانستند همان هایی که با هزینه معاویه ملعون علیه علی (علیه السلام) احادیث جعلی ساختند و تحت هیچ شرایطی حاضر نبودند نامی از آنحضرت باقی بماند. به همین دلیل محل دفن امام(علیه السلام)سالهای سال مخفی بود و جز خواصّ از دوستان و شیعیان خالص و فرزندانش کسی به زیارت قبر شریفش نمی آمد.

 برای اولین بار زمان داود بن علی عباسی متوفیٰ ۱۳۳ هجری قبرشریف امام ظاهر شد و از طرف او صندوقی برآن قبر مبارک نهادند تا در سال ۱۷۰ هجری دوباره از این قبر شریف تجلیل شد و هارون الرشید،بنایی بر آن قبر ساخت.

 پس از آن کم کم به فکر این قبرشریف افتادند و هرکدام از شخصیتهای سیاسی و مذهبی آن زمان برای این حرم شریف گامی برداشته و کاری انجام دادند تا به اینصورت فعلی درآمد.

 مورّخان در تعمیر حرم مطهّر حضرت امیر المؤمنین علی (علیه السلام) از افراد زیر نام برده اند :

1_ هارون الرشید

2_ در نیمهٔ دوّم قرن سوّم هجری محمد بن زید

3_ در قرن چهارم عضد الدوله دیلمی بزرگترین سلاطین آلِ بویه ساختمانی بسیار مجلّل و باشکوه برسرقبر مبارک آنحضرت بنا نهاد و این بنای عالی تاسال ۷۵۵ هجری باقی بود و در سال ۷۶۰ هجری که این ساختمان باعظمت طعمه آتش سوزی شد در همین سال به تجدید بنای حرم مطهّر حضرت امیر<علیه السلام> همّت گماشتند، و بعدهم شاه عباس کبیر به ترمیم بنای مقدّسه آن حرم شریف همّت گماشت.

 و در نهایت این ساختمان فعلی که یکی از بدایع معماری ایرانی از زیباترین اثری است که سلسله صفویه ازخود به یادگار گذاشته اند، به دست شاه صفی نواده شاه عباس کبیر و جانشین او ساخته شده است.

  فخرالنّبی نوشته حضرت استادصدیق عربانی(گیلانی)، صفحهٔ ۳۸۴ و ۳۸۵ و ۳۸۶e